张树刚

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张树刚

职称： 讲师 学院： 计算机科学与技术学院 电子邮箱： zsg@ouc.edu.cn 办公室： 西海岸校区信息南楼C505
  • 基本信息
  • 项目
  • 获奖
  • 论文
  • 课程
  • 教材或专著
  • 专利
  • Research Fields
  • Achievement
  • Social Appointments
  • Teaching Experience
  • Honor Title
  • Additional Information
  • 基本信息
    姓名： 张树刚 出生年月： 1991-02-27 最高学位：工学博士 入职海大时间： 2020.01
    主要研究方向：计算生物学 专业技术职务： 导师类别：硕士生导师
    年均课时数： 是否第一学科：是
    国内外重要学术组织任职：CCF高级会员，CCF生物信息专委会通讯委员，CAAI智慧医疗专委会委员，山东省生物信息学会理事，BMC Bioinformatics（CCF C类期刊）编委，IEEE BIBM（CCF B类会议）、IEEE ICPADS（CCF C类会议）、AIED（计算机教育顶级会议）等国际知名会议程序委员会委员
    获得人才称号名称及获得年份：
    其他情况简介： 欢迎对计算生命科学交叉前沿方向感兴趣的本科生、研究生同学与我联系！联系方式 zsg@ouc.edu.cn
    研究方向
    主要研究方向为计算生物与生物信息学，包括超高精度数字心脏构建、蛋白质功能预测及设计等。近年来，在IEEE JBHI，JCIM，npj Systems Biology and Applications等国际权威期刊、会议发表论文20余篇，Google Scholar引用1100余次。主持国家自然科学基金、中央高校基本科研业务费等，入选2020年度山东省博士后创新人才支持计划。
    学术兼职
    奥地利国家科学基金(FWF)通讯评审专家（2021），IEEE BIBM PC Member（2023），IEEE ICPADS PC Member（2023），AIED PC Member（2024），担任Signal Transduction and Targeted Therapy、Briefings in Bioinformatics、Computers in Biology and Medicine、Frontiers in Physiology、Expert Opinion on Drug Discovery、Scientific Reports、Digital Discovery等国际期刊常规审稿人。学术主页：[Google Scholar]
    教育经历
    2017.10-2018.10 英国曼彻斯特大学 生物物理系 CSC公派联合培养博士
    2013.09-2020.01 中国海洋大学 计算机软件与理论 博士（硕博连读）
    2009.09-2013.06 中国海洋大学 计算机科学与技术 本科
    工作经历
    2020.01至今 中国海洋大学 科研博士后、讲师
  • 项目
    • 1. 国家自然科学基金委员会， 国家自然科学基金，基于跨尺度自纠偏数字心脏的恶性基因突变智能预算方法研究， 2024.01 ~ 2026.12， 主持
    • 2. 山东省人社厅， 山东省博士后创新人才支持计划（“山东博新计划”，2020年全省入选21人），基于***系统的超高精度数字心脏系统研发， 2020.12 ~ 2022.12， 主持
    • 3. 青岛市科技局， 青岛市自然科学基金，靶点信息聚合感知的心脏病药物跨尺度虚拟筛选研究， 2023.07 ~ 2025.06， 主持
    • 4. 中国海洋大学， 中央高校基本科研业务费，基于图注意力和多尺度计算心脏模型的药物毒性评价研究， 2023.01 ~ 2024.12， 主持
  • 获奖
  • 论文
    • 1. CollaPPI: A Collaborative Learning Framework for Predicting Protein-Protein Interactions， IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics， 2024， 中科院一区Top，IF=7.7， 通讯作者
    • 2. HiSIF-DTA: A Hierarchical Semantic Information Fusion Framework for Drug-Target Affinity Prediction， IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics， 2023， 中科院一区Top，IF=7.7， 通讯作者
    • 3. Predicting Drug-Target Affinity by Learning Protein Knowledge From Biological Networks， IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics， 2023， 中科院一区Top，IF=7.7， 通讯作者
    • 4. Computational analysis of arrhythmogenesis in KCNH2 T618I mutation-associated short QT syndrome and the pharmacological effects of quinidine and sotalol， npj Systems Biology and Applications， 2022， 中科院二区，IF=4.671， 第一作者
    • 5. Deep learning methods for molecular representation and property prediction， Drug Discovery Today， 2022， 中科院二区，IF=8.369，ESI高被引论文、热点论文， 通讯作者
    • 6. Enhancing Protein Function Prediction Performance by Utilizing AlphaFold-Predicted Protein Structures， Journal of Chemical Information and Modeling， 2022， SCI， 通讯作者
    • 7. In silico assessment of pharmacotherapy for carbon monoxide induced arrhythmias in healthy and failing human hearts， Frontiers in Physiology， 2022， SCI， 通讯作者
    • 8. Mechanistic insights into inflammation-induced arrhythmias: A simulation study， Frontiers in Physiology， 2022， SCI， 通讯作者
    • 9. Proarrhythmic effects of carbon monoxide in human ventricular tissue: Insights from computational modeling， Computers in Biology and Medicine， 2022， SCI， 通讯作者
    • 10. SAG-DTA: Prediction of Drug–Target Affinity Using Self-Attention Graph Network， International Journal of Molecular Sciences， 2021， SCI， 第一作者
    • 11. A Multi-Scale Computational Model for the Rat Ventricle: Construction, Parallelization, and Applications， Computer Methods and Programs in Biomedicine， 2021， SCI， 通讯作者
    • 12. Air Pollution and Cardiac Arrhythmias: From Epidemiological and Clinical Evidences to Cellular Electrophysiological Mechanisms， Frontiers in Cardiovascular Medicine， 2021， SCI， 第一作者
    • 13. Mechanisms Underlying Sulfur Dioxide Pollution Induced Ventricular Arrhythmia: A Simulation Study， 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)， 2020， EI/CCF B， 第一作者
  • 课程
    • 1. Web框架编程， 本科专业课， 2学分， 48课时
    • 2. 面向对象的程序设计， 本科专业课， 3.5学分， 72课时
  • 教材或专著
  • 专利
    • 1. 一种蛋白质多源特征融合的药物-靶点亲和力预测的方法（CN116092577B）， 2024-01-05， 发明专利， 第一发明人
    • 2. 一种用于药物-靶点亲和力预测的蛋白多层次语义聚合表征方法（ZL202311487947.5）， 2024-07-01， 发明专利， 第一发明人
  • 成果转化与社会服务
  • Research Fields
  • Achievement
    • 1. 国家自然科学基金委员会， 国家自然科学基金，基于跨尺度自纠偏数字心脏的恶性基因突变智能预算方法研究， 2024.01 ~ 2026.12， 主持
    • 2. 山东省人社厅， 山东省博士后创新人才支持计划（“山东博新计划”，2020年全省入选21人），基于***系统的超高精度数字心脏系统研发， 2020.12 ~ 2022.12， 主持
    • 3. 青岛市科技局， 青岛市自然科学基金，靶点信息聚合感知的心脏病药物跨尺度虚拟筛选研究， 2023.07 ~ 2025.06， 主持
    • 4. 中国海洋大学， 中央高校基本科研业务费，基于图注意力和多尺度计算心脏模型的药物毒性评价研究， 2023.01 ~ 2024.12， 主持
  • Social Appointments
  • Teaching Experience
    • 1. CollaPPI: A Collaborative Learning Framework for Predicting Protein-Protein Interactions， IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics， 2024， 中科院一区Top，IF=7.7， 通讯作者
    • 2. HiSIF-DTA: A Hierarchical Semantic Information Fusion Framework for Drug-Target Affinity Prediction， IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics， 2023， 中科院一区Top，IF=7.7， 通讯作者
    • 3. Predicting Drug-Target Affinity by Learning Protein Knowledge From Biological Networks， IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics， 2023， 中科院一区Top，IF=7.7， 通讯作者
    • 4. Computational analysis of arrhythmogenesis in KCNH2 T618I mutation-associated short QT syndrome and the pharmacological effects of quinidine and sotalol， npj Systems Biology and Applications， 2022， 中科院二区，IF=4.671， 第一作者
    • 5. Deep learning methods for molecular representation and property prediction， Drug Discovery Today， 2022， 中科院二区，IF=8.369，ESI高被引论文、热点论文， 通讯作者
    • 6. Enhancing Protein Function Prediction Performance by Utilizing AlphaFold-Predicted Protein Structures， Journal of Chemical Information and Modeling， 2022， SCI， 通讯作者
    • 7. In silico assessment of pharmacotherapy for carbon monoxide induced arrhythmias in healthy and failing human hearts， Frontiers in Physiology， 2022， SCI， 通讯作者
    • 8. Mechanistic insights into inflammation-induced arrhythmias: A simulation study， Frontiers in Physiology， 2022， SCI， 通讯作者
    • 9. Proarrhythmic effects of carbon monoxide in human ventricular tissue: Insights from computational modeling， Computers in Biology and Medicine， 2022， SCI， 通讯作者
    • 10. SAG-DTA: Prediction of Drug–Target Affinity Using Self-Attention Graph Network， International Journal of Molecular Sciences， 2021， SCI， 第一作者
    • 11. A Multi-Scale Computational Model for the Rat Ventricle: Construction, Parallelization, and Applications， Computer Methods and Programs in Biomedicine， 2021， SCI， 通讯作者
    • 12. Air Pollution and Cardiac Arrhythmias: From Epidemiological and Clinical Evidences to Cellular Electrophysiological Mechanisms， Frontiers in Cardiovascular Medicine， 2021， SCI， 第一作者
    • 13. Mechanisms Underlying Sulfur Dioxide Pollution Induced Ventricular Arrhythmia: A Simulation Study， 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)， 2020， EI/CCF B， 第一作者
  • Honor Title
    • 1. Web框架编程， 本科专业课， 2学分， 48课时
    • 2. 面向对象的程序设计， 本科专业课， 3.5学分， 72课时
  • Additional Information